Analyseurs

Le FacsCanto II, BD Biosciences

Ce cytomètre comporte trois sources lumineuses :

OOB BioPIC analyseur
  • Un laser bleu Argon 488nm dont le chemin optique (dit en octogone) permet de mesurer et séparer les signaux de fluorescence grâce à 4 détecteurs (PMT) alimentés par des Band Pass : FL1 : 530/30nm, FL2 : 585/42nm, FL3 : 670 LP, FL4 : 780/60nm. Deux détecteurs de diffusion lumineuse sont aussi liés au 488 : SSC et FSC
  • Un laser rouge 633nm : filtres optiques Band Pass: FL5 750/60nm, FL6 650/20nm
  • Un laser violet 405nm : filtres optiques Band Pass: FL7 502-535nm, FL8 425-475nm

L'outil informatique sous windows XP dispose du logiciel d'analyse et traitements des données « Diva6 ».

Le Cytoflex, Beckman Coulter

Ce cytomètre comporte deux sources lumineuses, l’ensemble des détecteurs sont des APD (photodiode à avalanche) :

OOB BioPIC analyseur
  • Un laser bleu 488nm et 3 détecteurs alimentés Band Pass : FITC 525/40nm, PE 585/42nm, PC5.5 690/50nm. Deux détecteurs de diffusion lumineuse sont aussi liés au 488 : SSC et FSC
  • Un laser rouge 638nm : filtres optiques Band Pass: APC 660/20nm, APC A750 780/60nm.

L'outil informatique sous windows 7 dispose du logiciel d'analyse et traitements des données « CytExpert ».


Les appareils sont disponibles en service commun, la réservation se fait via l'outil GRR (accessible par le réseau intranet de l'Observatoire).

Les applications en Océanographie :

La cytométrie en flux permet de comprendre la structure complexe des peuplements phytoplanctoniques, majoritairement constitués d'algues unicellulaires inférieures à 3 µm, et d'en suivre leurs évolutions saisonnières dans les écosystèmes aquatiques. Cette approche cellulaire des écosystèmes marins est à l'origine de l'évolution de la plupart des concepts développés en océanographie, particulièrement pour l'étude des cycles biogéochimiques dans les océans (cycle du carbone, de l'azote, interactions entre compartiments cellulaires vivants...).

La cytométrie en flux est aussi à l'origine de la découverte d'espèces nouvelles d'algues très abondantes et de très petites tailles (inférieure à 1µm), comme Prochlorococcus sp. (Chisholm et al. 1988) ou Ostreococcus tauri (Courties et al. 1994). Leur rôle primordial dans les chaînes trophiques océaniques est essentiellement étudié à l'aide de cytomètres en flux et trieurs de cellules, parfois embarqués sur des navires océaniques.

Ci-dessous, un exemple de peuplements phytoplanctoniques provenant de différents écosystèmes côtiers où chaque cellule est identifiée grâce à ses propriétés de diffusion lumineuse (relatives à la taille ou granularité) et de fluorescence que l'on excite à 488nm à l'aide d'un laser argon.

OOB BioPIC peuplement phytoplanctonique

Le trieur de cellules

Le FacsAria I, BD Biosciences

OOB BioPIC trieur de cellules

Ce trieur est constitué de :

  • Deux lasers : 488nm, 633nm.
  • Deux couronnes de PMT, 8 fluorescences, 2 diffusions.
  • Analyse dans une cellule en quartz (sensibilité accrue).
  • Tri par déflection électrostatique dans l'air.
  • Quatre voies simultanées de tri possible, protégées des contaminations.

Application à la bactériologie marine :

Les bactéries marines, généralement très nombreuses (1 million/mL), sont marquées à l'aide d'un fluorochrome des acides nucléiques (SyberGreenI) pour être facilement comptées en cytométrie en flux. Elles sont souvent caractérisées en deux ou trois populations faiblement (Low Nucleic Acid LNA) ou fortement fluorescentes (High Nucleic Acid HNA) reflétant des états différents de leurs activités.

Le tri de fractions bactériennes, détectées sur la base des propriétés de diffusion des cellules (SSC) et de la fluorescence induite de leur acides nucléiques (FL1), que l'on associe à des analyses spécifiques du métabolisme ou de caractérisation en biologie moléculaire, permet de préciser l'activité de ces bactéries ainsi que leur diversité encore largement inconnue dans les écosystèmes aquatiques.

Le cytomètre en phase solide

Le cytomètre en phase solide, couplé à un microscope à épifluorescence, est un outil indispensable pour détecter et quantifier, à l'aide de fluorochromes spécifiques, des bactéries pathogènes ou des algues toxiques dans les milieux aquatiques.

L’Observatoire Océanologique de Banyuls-sur-Mer est l'un des rares parmi les laboratoires marins en Europe qui propose son utilisation dans l'environnement.

Exemples d'application :

OOB BioPIC cyto phase solide
Observatoire Océanologique
de Banyuls-sur-Mer
1 avenue Pierre Fabre
66650 Banyuls-sur-Mer
logo Sorbonne Université LOGO CNRS 2019 BLANC
logo embrc blanc
Nos projets de développement sont soutenus par :
logo etat RFlogo cperlogo Sorbonne Universitélogo L'Europe s'engageLogo UE textelogo region occitanie