La microscopie électronique est source d'études novatrices pour les modèles marins tels que virus, bactéries, algues unicellulaires, métazoaires marins. L'Observatoire Océanologique de Banyuls-sur-Mer dispose d'un microscope électronique à transmission Hitachi 7500 équipé d'une caméra haute résolution, AMT advantage.
Le service dispose également d'un laboratoire de préparation des échantillons, d'une salle équipée de 2 Ultra microtomes : un Leica, un LKB et d’instruments de cryo-préparation des échantillons : Leica .EM AFS2 et GP.
Exemple d'application sur un modèle marin étudié à l'Observatoire :
Ostreococcus tauri est le plus petit eucaryote libre connu. C'est une algue verte de 1µm à la structure élémentaire constitué d'un noyau, d'un chloroplaste, d'une mitochondrie et d'un appareil de golgi (Courties et al., Nature 1994). Découverte dans l'étang de Thau où elle abonde, elle est aussi présente dans tous les océans. Elle est devenue un modèle d'étude pour la biologie cellulaire et l'écologie marine.