L’Observatoire Océanologique de Banyuls-sur-Mer dispose de deux navires de station, le Néréis II et le Rufi II armés en petite pêche par le CNRS et menés par une équipe de quatre marins, pouvant procéder à des sorties en mer, de jour comme de nuit. Affectés au sein du Service des Moyens à la mer de la fédération, ils assurent toutes les activités à la mer en relation avec les missions prioritaires de l’OOB : la recherche, l’enseignement, l’observation et la médiation scientifique.
L’unité offre également un service de plongée avec en son sein deux plongeurs scientifiques professionnels CNRS. L’accès au service se fait par le biais du portail EMBRC-France.
La réservation des navires, quel que soit le type d'activité ciblée (recherche, enseignement, observation, aquarium, technologie...), se fait par appel d'offre semestriel organisé par la Flotte Océanographique Française (FOF).
Les demandes sont alors examinées par un comité local d'évaluation représentatif des différentes unités de l'OOB qui rend un avis sur la faisabilité de la sortie. Un planning semestriel est ensuite élaboré par le responsable du service en collaboration avec le patron des navires.
La programmation des plongées est réalisée par les deux plongeurs scientifiques professionnels du service en coordination avec celle des navires. L’utilisation d’un navire pour la réalisation d’une plongée n’est pas toujours nécessaire et certaines plongées peuvent s’effectuer du bord de mer. Les activités de plongée sont conduites conformément à la réglementation nationale sur la plongée scientifique en vigueur et notamment le Décret No 2011-45 et l'Arrêté du 30 octobre 2012.
Le service dispose de matériel de prises de vues sous-marines (photo et vidéo numérique HD), et d'expertise en retouche d'image et montage vidéo.
Les ressources photo et vidéo sont utilisées pour des actions de communication, médiation scientifique ou dans le cadre de projets scientifiques.