Dans la seconde moitié du 19ème siècle, les premières stations marines furent construites. Il n’était plus question de collecter les organismes marins et de les ramener dans les laboratoires des grandes villes pour les étudier mais de construire des laboratoires au bord de la mer afin que les scientifiques puissent travailler sur les organismes dans leur habitat naturel.
Au début des années 1880, après avoir fondé la station marine de Roscoff sur la Manche, le zoologiste de la Sorbonne, Henri de Lacaze-Duthiers, décida de prospecter la côte Méditerranéenne pour y implanter une seconde station. La côte rocheuse à proximité de l’Espagne offrait une grande diversité d’habitats et d’organismes et Lacaze-Duthiers fut séduit par le site de Banyuls-sur-Mer pour y construire ce nouveau laboratoire. L'acte de création du laboratoire date de 1881, mais ce n’est qu'en 1882, que le « Laboratoire Arago » ouvre ses portes à son emplacement actuel avec des laboratoires, des bureaux, une bibliothèque et un bateau local qui était loué pour les sorties en mer. L’aquarium public fut inauguré autour de 1884-85 et les premiers étudiants arrivèrent peu de temps après.
Depuis sa création, les principales missions du « Laboratoire Arago » sont de former les futures générations de scientifiques, de mener des recherches et de permettre au grand public de découvrir le monde marin. Le laboratoire a accueilli aussi des scientifiques et des célébrités du monde entier. Au début des années 1890, la renommée du laboratoire attira l’attention du Prince Roland Bonaparte (botaniste, géographe et philanthrope) qui décida de financer une série de navires dédiés à l’étude de la mer. L’arrivée du premier navire « Le Roland » survint en même temps que l’ouverture du port de Banyuls-sur-Mer.
Au fil des ans, le laboratoire a accueilli des scientifiques qui souhaitaient promouvoir et faire progresser les sciences marines. Les structures de recherche ont été régulièrement étendues au cours du temps pour permettre d’accueillir de nouveaux chercheurs, techniciens et étudiants, qui ont contribué à la renommée du laboratoire.
Les Directeurs de l’Observatoire :
- 1882-1900 : Henri de Lacaze-Duthiers
- 1900-1923 : Georges Pruvot
- 1923-1937 : Octavio Duboscq
- 1937-1947 : Edouard Chatton
- 1947-1964 : Georges Petit
- 1964-1976 : Pierre Drach
- 1976-1989 : Jacques Soyer
- 1989-1999 : Alain Guille
- 2000-2005 : Gilles Boeuf
- 2005-2015 : Philippe Lebaron
- 2015-2019 : Vincent Laudet
- 2020 à ce jour : Yves Desdevises
