La réservation des navires, quel que soit le type d'activité ciblée (recherche, enseignement, observation, aquarium, technologie...), se fait par appel d'offre semestriel organisé par la Flotte Océanographique Française (FOF).
Les demandes sont alors examinées par un comité local d'évaluation représentatif des différentes unités de l'OOB qui rend un avis sur la faisabilité de la sortie. Un planning semestriel est ensuite élaboré par le responsable du service en collaboration avec le patron des navires.
Néréis II
Ce navire fait partie de la flotte des navires de station de la FOF, et est homologué pour embarquer en plus de l'équipage :
- 12 personnes (étudiants, encadrants, chercheurs) pour des distances jusqu’à 5 milles,
- 9 personnes pour des distances entre 5 et 20 milles.
Selon les opérations à effectuer, le navire est conduit par 3 (minimum) ou 4 marins.
Rufi II
Cette embarcation de 7,5m est homologuée pour embarquer jusqu’à 6 personnes. Elle est conduite par 1 marin et peut donc recevoir des groupes jusqu’à 5 passagers (étudiants, encadrants, chercheurs). Le Rufi est utilisé en priorité pour les sorties impliquant la plongée sous-marine, activité encadrée par les deux plongeurs professionnels du service.