Le service de bioinformatique (BSBII) accompagne les projets de recherche à l’Observatoire Océanologique de Banyuls-sur-Mer dans l’analyse, la gestion et l’interprétation des données biologiques, sur des thématiques allant de la génomique évolutive à l’écologie marine et à la microbiologie.

Le service peut être sollicité à toutes les étapes d’un projet, dès la phase de réflexion.

Un échange en amont permet souvent d’optimiser la production des données, de sécuriser les choix méthodologiques et de faciliter les analyses.

Missions 

Le service apporte un appui méthodologique et technique à toutes les étapes des projets de recherche :

• analyse de données génomiques et transcriptomiques (NGS),
• développement, adaptation et maintenance de pipelines d’analyse,
• conception de nouveaux workflows bioinformatiques adaptés aux questions scientifiques,
• accompagnement à la conception expérimentale et aux stratégies de production de données,
• gestion, stockage et reproductibilité des analyses,
• formation et accompagnement des chercheurs, ingénieurs et étudiants

Au-delà de la mise en œuvre des analyses, le service contribue à la définition des approches méthodologiques, à l’anticipation des contraintes techniques et à l’utilisation des ressources de calcul mutualisées.

Pour qui ?

Le service s’adresse à l’ensemble des chercheurs, ingénieurs, doctorants et stagiaires de l’Observatoire que ce soit pour :

• un besoin d’analyse,
• un appui méthodologique en amont d’un projet,
• la gestion ou l’exploitation de données,
• le développement d’approches bioinformatiques spécifiques,
• des actions de formation.

Formations en bioinformatique

Le service de bioinformatique propose des formations destinées aux chercheurs, ingénieurs et doctorants souhaitant acquérir des compétences opérationnelles pour l’analyse de données biologiques et l’utilisation des environnements de calcul.

Ces formations sont construites à partir de cas concrets de recherche et visent une mise en pratique rapide, que ce soit pour une initiation ou un renforcement de compétences.

Principales thématiques proposées :

• Linux pour les biologistes (ligne de commande, gestion des fichiers, accès distant),
• Introduction à Python pour l’analyse de données,
• Utilisation des moyens de calcul mutualisés (clusters, HPC, gestion des jobs),
• Bonnes pratiques de gestion des données, documentation et reproductibilité,
• Introduction aux workflows d’analyse de données de séquençage (NGS).

Les sessions alternent apports méthodologiques et travaux pratiques sur des jeux de données biologiques. Elles peuvent être organisées sous forme de sessions collectives, dans le cadre de la formation permanente ou à la demande pour une équipe ou un projet.

Pour toute demande de formation ou pour organiser une session spécifique, vous pouvez contacter le service.