L’aquarium Méditerranéen du Biodiversarium héberge une cinquantaine de bassins de 10 à 60 000 litres. Ces bassins sont peuplés par des animaux d’origine locale qui sont capturés pour la plupart au stade juvénile et qui seront relâchés en mer après quelques mois passés au sein de l’aquarium public afin de jouer leur rôle d’ambassadeurs auprès des visiteurs.

Dans ce contexte, l’équipe du pôle aquarium public du SMA a pour missions principales la collecte d’organismes marins en milieu naturel, leur éventuelle reproduction en captivité (méduses par exemple), l’entretien des bassins (en plongée en particulier) et le suivi zootechnique et technique de l’ensemble des installations.

L’équipe du pôle aquarium public apporte son soutien au conservateur du site dans le cadre de programmes de conservation in situ (suivi d’espèces menacées, d’espèces invasives, etc.). L’aquarium du Biodiversarium est membre de l’Union des Conservateurs d’Aquariums et de l'European Union of Aquarium Curators.