Le Laboratoire de Biodiversité et Biotechnologies Microbiennes (LBBM), est une unité mixte de recherche et de service de SU et du CNRS (InEE) fondée en 2014 avec pour mission de faire progresser les frontières de la recherche scientifique fondamentale en microbiologie et (bio)chimie environnementale, tout en répondant aux grands défis sociétaux en matière de santé humaine et environnementale.
Le LBBM s’appuie sur un partenariat de 20 ans avec la société cosmétique et pharmaceutique Laboratoires Pierre Fabre, et en 2017 l'équipe BAE (Biocapteurs, Analyse, Environnement) de l'Université de Perpignan Via Domitia a rejoint l'unité qui compte aujourd'hui une quarantaine de personnes.
Nos principaux objectifs sont :
- de comprendre les interactions entre les microorganismes et autres (micro)organismes ainsi que leur environnement physico-chimique, particulièrement dans les symbioses et les biofilms
- de comprendre le devenir et les effets des contaminants chimiques et biologiques dans les milieux aquatiques par le développement de systèmes de détection sensibles et précis et l'étude du devenir, des impacts écologiques et de la dégradation microbienne de ces contaminants
- de décrire et d'explorer la biodiversité microbienne et de développer de nouveaux produits biotechnologiques à partir de microorganismes environnementaux
- de fournir des services pour répondre aux besoins des partenaires industriels, des agences environnementales et autres.
En savoir plus : lbbm.obs-banyuls.fr
La recherche du LBBM est organisée en trois thématiques principales.
Thème 1 - Biodiversité et chimiodiversité microbienne
Dans cette thématique, nous étudions d’une part la diversité des micro-organismes et les processus conduisant à la structuration de la diversité microbienne, et d’autre part, le rôle des communautés microbiennes dans le fonctionnement de systèmes plus complexes (des holobiontes aux écosystèmes). Nous cherchons à comprendre les mécanismes de médiation chimique impliqués dans ces processus, en particulier dans les relations symbiotiques (sens de Bary). Par conséquent, l'étude de la chimiodiversité associée aux micro-organismes, en particulier la découverte de nouvelles structures moléculaires, représente une partie importante et significative de la recherche dans ce thème. Bien que bon nombre de nos études portent sur le microbiote associé aux organismes marins (p. ex. lichens, éponges et macrophytes), nous étudions également les interactions interspécifiques dans d'autres écosystèmes. Les processus d'interaction de cellule à cellule, le « quorum sensing », la diversité chimique des molécules de communication et leur rôle fonctionnel, dans la régulation de la formation de biofilms par exemple, font partie de cette thématique. Enfin les activités liées à la valorisation des molécules et extraits issus de ces recherches font partie de cette thématique de recherche.
Thème 2 - Contaminants chimiques : Détection, impact et biodégradation
Ici, nous cherchons à comprendre le devenir des micropolluants organiques émergents et persistants dans l'environnement et leur interaction avec les organismes vivants dans ces environnements. Nous cherchons à évaluer autant la toxicité de ces polluants que leur transformation et utilisation comme source d'éléments ou d'énergie, un processus conduisant à leur biodégradation. Le thème bénéficie grandement de l'association avec l'équipe BAE de l'UPVD et de leur expertise dans le développement de (bio)capteurs pour la détection de molécules spécifiques dans des matrices complexes. Actuellement, différentes catégories de contaminants chimiques et de matrices sont étudiées. Il s’agit par exemple des médicaments, de produits de soins personnels ou de pesticides organiques, sans oublier également les toxines alimentaires.
Thème 3 - Écologie des pathogènes
Cela a toujours été une partie importante des activités du LBBM, où un certain nombre de projets ont été menés pour la détection et le suivi des bactéries d'intérêt pour la santé humaine [e.g. les coliformes fécaux dans les eaux récréatives (collaboration avec Veolia Environnement) ; Legionella spp. dans les tours de refroidissement des centrales nucléaires (collaboration avec EDF)]. Les activités sur ce thème ont été à l'origine de l'association entre le BAE et le LBBM. Actuellement, la recherche se concentre sur la détection et la compréhension des facteurs biotiques (e.g. quorum sensing) et abiotiques contrôlant la dynamique des bactéries telles que Vibrio spp. et Aeromonas salmonicida, des pathogènes associés aux maladies affectant l’activité aquacole.