Observation Environnementale Augmentée par l'ADN environnemental

Contexte, défis et solutions

Faire face aux deux plus grands défis environnementaux : le changement climatique et la perte de biodiversité, tout en contribuant à une croissance bleue durable, nécessite des solutions innovantes et des efforts multidisciplinaires.

L'évaluation des risques environnementaux liés à la présence d'agents pathogènes d'origine hydrique ou à la perte de biodiversité dans les milieux aquatiques grâce à des outils efficaces et rapides est devenue essentielle pour que les producteurs, les gestionnaires et les autorités de contrôle puissent prendre des mesures préventives concernant l'utilisation des ressources en eau.

Dans ce contexte, nous développons des instruments performants à faible coût pour le suivi in situ à haute fréquence de la biodiversité/cibles spécifiques (marqueurs).

e-Platform : de l'échantillonnage aux données

L'ensemble du système est composé de deux instruments pouvant être utilisés indépendamment : un échantillonneur e-ADN autonome et un micro-capteur génétique pour la détection d'espèces cibles/biomarqueurs via une signature ADN unique.

L'echantillonneur e-ADN est capable d'effectuer plusieurs fonctions : échantillonner, concentrer et pré-extraire l'ADN/ARN environnemental in situ et de manière autonome. Le prototype conçu a été testé lors d'essais de démonstration en laboratoire et sur le terrain pour la détection de micro-organismes marins : bactéries et virus, ainsi que pour l'évaluation de la diversité bactérienne totale dans les eaux naturelles par métabarcodage de l'ADN environnemental. Brevet en cours (PCT/FR2024/000035).

Le micro-capteur utilise une méthode moléculaire automatisée pour détecter des micro-organismes spécifiques. La méthode a été validée et calibrée sur des agents pathogènes d'origine hydrique : Vibrio sp., E. coli et Microcystis sp. (cyanobactéries toxiques). Brevet en cours (PCT/FR2024/000084).