L’objectif général du Laboratoire d’Océanographie Microbienne (LOMIC) est d’étudier les interactions réciproques entre un milieu changeant et varié, l’océan, et les micro-organismes qui l’habitent de manière intégrative du gène à l'écosystème.
Le LOMIC réunit des expertises dans les domaines de la biogéochimie marine, de l'écologie microbienne, de la physiologie intégrative, de l’écotoxicologie, des « omiques » et de la génétique de microorganismes modèles.
Cette pluridisciplinarité permet d'aborder de manière originale des questions aux frontières de la science dans le domaine de la recherche fondamentale (ex. étude des processus réalisés par le microbiome océanique dans les cycles des éléments) et appliquée (ex. valorisation des microalgues, toxicité et biodégradation des microplastiques).
En savoir plus : lomic.obs-banyuls.fr
Le LOMIC est structuré autour de trois thèmes de recherche.
Thème 1 - Régulation des fonctions microbiennes par les paramètres environnementaux
Les paramètres physiques et chimiques de l'environnement, tels que l'intensité de la lumière, la durée du jour, la température et les éléments nutritifs (macro et micro-nutriments) ont un impact majeur sur la physiologie des communautés microbiennes, y compris le phytoplancton eucaryote, les cyanobactéries et les bactéries hétérotrophes. Pour étudier les effets de ces paramètres, nous utilisons des approches du gène à l'écosystème, tels que des transformations génétiques sur des modèles d'organismes du phytoplancton et des bactéries, des expériences en microcosmes dans des conditions de laboratoire bien définies, des études sur le terrain sur des communautés microbiennes et des campagnes océanographiques à grande échelle.
Thème 2 - Biogéochimie et diversité microbienne
Les microorganismes sont les principaux moteurs des cycles biogéochimiques dans l'océan. La prise en compte des caractéristiques des communautés microbiennes en termes de diversité, de fonctions et d’interactions est une question clé pour une meilleure compréhension du cycle biogéochimique des éléments. L'objectif de ce thème est d'établir des liens entre les principaux flux biogéochimiques dans l'océan et les communautés microbiennes réalisant ces processus. Ce thème repose sur des observations in situ à court ou à long terme, fondées toutes deux sur des campagnes océanographiques. Nous utilisons également des études expérimentales réalisées en laboratoire ou à bord des navires de recherche pour tester des hypothèses spécifiques qui émergent de notre champ d'observation.
Thème 3 - Ecotoxicologie microbienne marine et ingénierie métabolique
Ce thème aborde les conséquences écologiques de pollutions marines à l’échelle des communautés microbiennes ainsi que les ‘services rendus par les microorganismes’ comme les technologies innovantes et écoresponsables de dépollution utilisant des microorganismes (écotechnologie microbienne) ainsi que la valorisation des microorganismes au travers notamment de la production de composés à forte valeur ajoutée par les microalgues. Les approches utilisées sont extrêmement larges depuis l’étude de l’impact de pollutions sur des milieux naturels jusqu’au développement de biocapteurs sur cellules entières pour la détection de polluants en passant par des techniques d’ingénierie métabolique pour la production dirigée de composés.
